反恐管理体系从几个方面进行反恐管理：
1.程序安全 (Procedural Security)：企业要做好相关的制度，从各个方面，编好制度的笼子。
2.信息处理 (Documentation Processing)：防止信息泄露，制定信息管理的规定。
3.实体安全 (Physical Security)：确保厂房及办公场地的安全，制定规定，对厂房进行检查。
4.存取监控 (Access Controls)：各出入要有监控，并有保存期限。
5.人员安全 (Personnel Security)：对人员进行背景调查。
6.农业安全：对虫害进行防治。
7.教育训练 (Education and Training Awareness)：对全员进行反恐知识培训。所有的制度都是人在执行，没有合格人，就没有有效运行的制度。
8.申报舱单程序 (Manifest Procedures)：海关的程序。
9.运输安全 (Conveyance Security)：对运输过程进行监控，确保运输过程中没有发生中途非正常停靠。