FSC森林认证有两种费用：直接费用即认证本身的费用和间接费用即为满足认证要求，森林经营单位在提高管理水平、调整经营规划、培训员工等方面所支付的费用。多数情况下，后者比前者更高。 

直接费用 

直接费用又称固定费用，它包括：森林评估和审计费用；年度审计费用。  

影响因素有：认证机构评估的可行性；认证实施的难易程度和规模；森林经营单位管理体制的效果和透明度；森林经营单位的大小、管理结构的复杂程度、生物多样性的丰富程度、社会环境的多样性以及有关活动记录的清晰程度。一般来说，热带雨林的认证费用要高于温带林，天然林的认证费用要高于人工林。  

间接费用

间接费用又称可变费用，它与认证单位实施的森林经营体系质量有关。良好的森林经营体系就不必对现有的森林经营长远规划、森林作业操作规程做大的调整，也不必为培训、森林经营等进行更大的投入，从而减少为通过认证而在这些方面所支付的费用。  

认证费用与认证森林的规模相关。在同等经营水平下，规模小的森林比规模大的森林的认证费用要高。

目的

世界自然基金会为FSC森林认证做的推广宣传画

(1). 提高森林经营单位的森林经营水平，促进森林的可持续经营；

(2). 稳定企业现有产品市场份额，并为进入新市场创造市场准入条件。

除此之外，FSC森林认证还可以实现以下目标：区分产品；森林服务的商品化；降低投资风险；促进利益各方的参与；获取财政资助；加强法律实施等。FSC森林认证的要素。