为进一步完善有机产品认证制度，规范有机产品认证活动，保证认证活动的一致性和有效性，国家认监委根据《产品质量法》、《认证认可条例》等法律、法规规定，对2005年6月发布的《有机产品认证实施规则》（以下简称新版实施规则）进行了修订，同时制定了《有机产品认证目录》（以下简称认证目录）。新版实施规则、认证目录自2012年3月1日起实施，"国家有机产品认证标志备案管理系统"也同步开通启用。新的有机产品认证制度较以往有以下突出特点：
一、"严"字当头，生产、认证更加严格

一是生产、加工和标识、销售标准更加严格。如同一生产单元内一年生植物不能进行平行生产，生产和加工过程中允许使用的投入物质增加了使用限定条件，使用标准附录之外的投入物质需由国家认监委组织专家进行评估，转换期内允许使用认证标志要求更为严格，有机产品中不能检出任何禁用物质残留，销售产品需使用销售证并建立"一品一码"追溯体系，销售场所不能进行二次分装、加贴标识等。二是认证程序更加严格规范。如要求对产地环境必须进行监测（检测），现场检查需覆盖所有生产活动范围，规定对产品所有生产季（茬）均需现场检查，对所有认证产品都要进行产品检测，认证活动需提前报告监督部门，认证证书由国家认监委信息系统统一赋号，同时增加了证书撤销、暂停、注销的条件等。三是建立了不良企业退出机制。对因不诚信、违规使用有机生产禁用物质、超范围使有国家有机产品认证标志等问题而被撤销认证证书的企业，任何认证机构在1-5年内不得再次受理其有机产品认证申请。同时，对于有机产品认证证书不能在规定时限内延续的，获证企业再次申请有机产品认证时，必须重新进行有机生产转换。
二、可操作性增强，统一认证尺度

认证程序要求更加细化，《有机产品认证实施规则》从原来的七章3500字，增加到10章9000字，增加了"再认证"、"证书撤销、暂停和注销"及"销售证"、"投入特评估"等内容，可操作性大大增强。对原先由认证机构自由裁量的内容进行统一要求，如统一认证产品目录，统一转换期判定、现场检查范围和频次、产品和环境检测要求，细化证书撤销、暂停、注销条件，明确证书暂停时间，规定撤销和注销的证书不得以任何理由恢复等。
三、建立了有机产品追溯体系

严格规范产量衡算、收获、加工、包装、销售等环节的认证检查过程，要求在获证产品或者产品的最小销售包装上，加施中国有机产品认证标志（或有机转换产品认证标志）及其唯一编号、认证机构名称或者其标识,配合使用销售证，充分利用现代化信息技术手段，确保发放的每枚有机产品认证标志能够从市场溯源到所对应的每张有机产品认证证书、获证产品和生产企业，做到信息可追溯、标识可防伪、数量可控制。自2012年3月1日起，有机产品生产企业应按照相关规定要求，在销售的有机产品或者产品的最小销售包装上，加施国家有机产品认证标志（含有机转换产品认证标志）及其唯一编号（有机码）、认证机构名称或者其标识。2012年3月1日前已从认证机构领取国家有机产品认证标志或已印制带有国家有机产品认证标志的产品包装的，应在2012年7月1日前使用完毕。届时消费者还可通过国家认监委"中国食品农产品认证信息系统"（food.cnca.cn）中进行查询、验证。
四、按照风险评估的原则，将不适宜开展有机产品认证的产品排除在《有机产品认证目录》之外，不得再开展有机产品认证

目前，目录包括了蔬菜、牛奶、肉类等37大类127种产品。同时，国家认监委将基于风险分析原则，对《有机产品认证目录》进行动态调整。
五、引入风险分析和风险管理概念

把风险评估和风险管理作为开展有机产品认证活动和监督管理、加强科学性和权威性的重要手段，在《有机产品认证实施规则》等文件中多处提及风险评估。认证机构在现场检查、产品抽样检测、证后监督中应依据产品生产、加工工艺和方法、企业管理体系稳定性、当地诚信水平等判定有机生产、加工风险并采取相应措施。监督管理部门建立风险监测和预警制度，依据风险评估对有机产品认证活动实施监管，并根据风险等级对相关产品、地域进行风险预警。